系統壓力升高：
在離子色譜儀系統的壓力超過正常壓力的30%以上時，可以認為該系統壓力不正常。壓力升高與以下幾種情況有關：
(1)離子色譜儀保護柱的濾片因有物質沉積而使壓力逐漸升高。更換濾片。
(2)離子色譜儀的某段管子堵塞造成系統壓力突然升高。逐段檢查，更換。
(3)室溫較低時如低于10℃時，系統壓力會升高。設法使室溫保持在15℃以上。
(4)當有機溶劑與水混合時，由于溶液的粘度，密度變化壓力亦會升高。
(5)流速設定過高使壓力升高，應按照色譜柱的要求設定分析泵的流速。
系統壓力降低或無壓力：
離子色譜儀系統有泄漏時，壓力會降低。仔細檢查各種接頭是否擰緊。此外，當系統流路中有大量氣泡存在，進入泵內形成空穴，啟動泵后系統無壓力顯示，亦無溶液流出，為避免上述問題，流動相的容器要加壓(≤0.03MPa);在儀器初次使用或更換淋洗液時要注意排除輸液管路內的空氣。
